La tradición atribuye al propio San Francisco de Asís, peregrino a Santiago (1213,) la fundación del convento de Sangüesa.

La iglesia gótica, de una sola nave con cabecera recta, se cubre con bóvedas estrelladas realizadas en ladrillo y revestidas con yeso, que datan del s XVI. La iglesia sufrió una fuerte intervención de restauración en 1965.

En el verano de 2012 los PP. Capuchinos deciden acometer una serie de obras en el interior de la iglesia para mejorar su aspecto. Se quiere pintar las bóvedas y subsanar la deficiente iluminación del templo. Se actúa así mismo en el rejuntado de los paramentos y se modifica el presbiterio. Nuestra labor ha consistido en el asesoramiento técnico de la intervención.